Trường Chuyên Lê Quý Đôn đã có nhiều hoạt động giao lưu hợp tác với các trường phổ thông, đại học và các tổ chức giáo dục trong nước và nước ngoài. Trường đã có những hoạt động trao đổi đoàn, tham quan học tập kinh nghiệm với các trường THPT chuyên khác như trường THPT Chuyên Hùng Vương – tỉnh Phú Thọ, THPT Chuyên tỉnh Thái Bình. Suốt nhiều năm qua, nhà trường đã giữ mối quan hệ tốt đẹp với các trường đại học, cao đẳng và trung học tại các nước phát triển như Đại Học Pháp ngữ AUF, đại học Canterbury (New Zealand), RMIT Vietnam, Đại học công nghệ thành phố Troyes, Cộng hòa Pháp.